เดิมเป็นวัดโบราณ มีชื่อว่า “วัดแหลม” หรือ “วัดไทรทอง” ไม่ปรากฏหลักฐานว่าสร้างในสมัยใด จนถึงปี พ.ศ.2369 ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 3 จึงปรากฏชื่อขึ้นในประวัติศาสตร์ มีพระพุทธชินราช เป็นพระพุทธรูปปางมารวิชัย นั่งสมาธิราบ จำลองแบบจากพระพุทธชินราช วัดพระศรีรัตนมหาธาตุวรมหาวิหาร จังหวัดพิษณุโลก ปัจจุบันประดิษฐานเป็นพระประธานในพระอุโบสถวัดเบญจมบพิตรดุสิตวนารามราชวรวิหาร
สมัยรัชกาลที่ 4 ปรากฏในพระราชพงศาวดารว่า พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ได้พระราชทานนามวัดใหม่ว่า “วัดเบญจบพิตร” ซึ่งมีความหมายว่าเป็นวัดของเจ้านาย 5 พระองค์ หรือวัดที่เจ้านาย 5 พระองค์ทรงปฏิสังขรณ์ขึ้น




