ครั้นในรัชกาลที่ 4 คือ พระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระราชทานนามใหม่ว่า “พระพุทธไตรรัตนนายก” จึงได้นามมาตลอดจนถึงปัจจุบัน โดย “หลวงพ่อโต” (ซำปอกง) เป็นพระปูนปั้นปางมารวิชัยหน้าตักกว้าง 7 วา 10 นิ้ว สูงตลอดรัศมี 9 วา 2 ศอก ประดิษฐ์อยู่ในพระวิหารใหญ่ ตามฝาผนังพระวิหารใหญ่ทั้ง 4 ด้าน ทำเป็นช่องๆ ไว้บรรจุพระพุทธรูป 84,000 องค์
วันเสาร์เดือน 8 ขึ้น 4 ค่ำ พ.ศ.2397 พระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 เสด็จพระราชดำเนินไปวัดพนัญเชิง ทรงปิดทองพระพักตร์พระพุทธไตรรัตนนายกด้วยทองคำ 7,913 แผ่น ส่วนพระศอพระราชทาน พระบาทสมเด็จพระปิ่นเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงปิด ต่อมา พ.ศ.2407 ทรงติดพระเนตรถมปัด เมื่อวันศุกร์ เดือน 7 แรม 5 ค่ำ ปีชวด และโปรดเกล้าฯ ให้พระยาโชฎีกราชเศรษฐี จัดตั้งเครื่องสังเวยตามธรรมเนียมจีน เป็นแบบอย่างต่อมาจนถึงปัจจุบัน
ในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 5 เกิดเพลิงไหม้ผ้าห่มพระพุทธไตรรัตนนายก วันที่ 20 ธันวาคม พ.ศ.2444 รัชกาลที่ 5 โปรดเกล้าให้ปฏิสังขรณ์ พ.ศ.2445 ทรงปิดทองพระพักตร์สิ้นทอง 184,807 แผ่น







